তদন্ত কমিশনের সংশ্লিষ্ট সূত্রগুলো জানিয়েছে, তারা পিলখানায় নৃশংস হত্যাকাণ্ডের ঘটনায় দেশীয় ও আন্তর্জাতিক ষড়যন্ত্র নিয়ে পাওয়া সাক্ষ্য ও বিভিন্ন তথ্য বিশ্লেষণ করছে। দেশীয় ষড়যন্ত্রের ক্ষেত্রে আওয়ামী লীগের কয়েকজন নেতার যোগসূত্র, সেনাবাহিনীর ভূমিকা এবং বিভিন্ন গোয়েন্দা সংস্থার ভূমিকা খতিয়ে দেখা হচ্ছে।
কমিশন সূত্র জানিয়েছে, এখন পর্যন্ত হত্যাকাণ্ডের ঘটনায় পাওয়া সাক্ষ্যপ্রমাণ অনুযায়ী এটি নিশ্চিত যে, এটি কোনো সাধারণ বিদ্রোহের ঘটনা নয়। এটি ছিল বিডিআর জওয়ানদের বিদ্রোহ সামনে রেখে সেনা কর্মকর্তাদের হত্যার পরিকল্পনা। এর একটি কারণ হিসেবে কমিশন বলছে, হত্যাকাণ্ডের ৭ দিন, ১০ দিন, ১৫ দিন বা এক মাস আগে পদায়ন হওয়া কর্মকর্তাদের মেরে ফেলতে হবে—সৈনিকদের সঙ্গে এত অল্প সময়ে তো কর্মকর্তাদের এমন বিরোধ থাকতে পারে না। এ জন্য এই হত্যাকাণ্ডের পরিকল্পনার নেপথ্যে কারা ছিল—তা খুঁজে বের করাকে প্রধান চ্যালেঞ্জ হিসেবে দেখছে কমিশন।
কমিশন জানিয়েছে, ২০ ফেব্রুয়ারি পর্যন্ত ৩৭ জনের সাক্ষ্য গ্রহণ করা হয়েছে। এর মধ্যে লে. জেনারেল আছেন তিনজন, মেজর জেনারেল দুজন, ব্রিগেডিয়ার জেনারেল পাঁচজন, কর্নেল চারজন, লে. কর্নেল চারজন, মেজর সাতজন, ক্যাপ্টেন দুজন, বিডিআর সদস্য সাতজন ও শহীদ পরিবারের সদস্য তিনজন। তা ছাড়া অন্তর্বর্তী সরকারের দুজন উপদেষ্টা যাঁরা আগে সরকারের ঊর্ধ্বতন পদে কর্মরত ছিলেন, তাঁদেরও সাক্ষ্য প্রদানের জন্য ডাকা হতে পারে বলে কমিশনের একটি সূত্র জানিয়েছে।